見滝原に住む中学2年生の鹿目まどかが通う見滝原中学に転校生の少女がやってきました。
写真：にじめん
彼女の名は暁美ほむら、ほむらはまどかに「保健室に連れて行ってほしい」と頼んだ事でまどかは保健室に行く道すがら彼女と話しますが謎の言葉を言い残して、ほむらは立ち去ってします。
その日の放課後、親友の美樹さやかとともに帰り道を歩いていたまどかは「助けて」という謎の声を耳にしました。
写真：概念のメモ帳
声を頼りにビルの一角にたどり着いたまどかが見たものは、マスコットのような生物・キュゥべえを殺そうとするほむらの姿でした。まどかは何とかキュゥべえを助けますが、その直後にさやかと一緒に謎の空間に迷い込んでしまいます。
そこに現れたのは2人の先輩にあたる巴マミでした。
写真：festy
それをきっかけに2人は巴マミが魔法少女である事、魔法少女の敵である魔女、そしてキュゥべえが願いを叶える事と引き換えに魔法少女にさせる生物だと知らされます。
キュゥべえから魔法少女の素質がある事を告げられたものの、マミの判断でしばらくは見学する事になった2人は華麗に戦うマミの姿に魔法少女になる憧れを強めるのでした。その事を良しとしない少女がいました。ほむらです。彼女もまた魔法少女でした。ほむらは自分の事情を語らないまま、マミたちに対して冷たい態度を取ります。
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そんな日々が続いたある日、さやかの幼馴染のバイオリニストである上条恭介が入院する病院に魔女が現れました。
そこでまどかとさやかの優しさに触れたマミはその思いを胸に戦いますが、無残にも食い殺されてしまいます。マミを殺した魔女はほむらが倒したものの、マミの死に様を目にした2人は過酷な現実に落ち込みました。
しかしさやかはマミの死を振り払い、魔法少女になります。
写真：dg.koga.me
それは恭介の腕を治すためでした。彼女は片想いの相手の腕を動かすためにキュゥべえと契約します。そこにはマミの遺志を受け継ぐ思いもありましたが、直後さやかは自分のために戦う事をモットーとしている魔法少女の佐倉杏子と出会いました。マミとは違う考えの持ち主にさやかは反発し、杏子はそれに応じます。2人の争いはほむらの介入でうやむやに終わりましたが、さやかはほむらと杏子に対して敵意をむき出しになるようになりました。
それをからかうように後日、杏子は恭介の家の前に佇んでいたさやかを歩道橋に誘い出します。
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しかしそこで争いを止めるためにまどかが取った行動が隠されていた事実を明かしました。それは魔法少女の源であるはずのソウルジェムは実は少女の魂を収めている器であり、彼女たちの肉体は魂を引き抜かれている状態なのでソウルジェムを肉体から離したら最後、死体になってしまう事でした。それぞれがショックを受ける中、さやかは自身を「ゾンビ」だと負い目を感じてしまい、好きな恭介を避けるようになります。
そんな彼女を励ましたのは杏子でした。
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杏子は自らの願いが招いた悲劇を明かし、さやかに「お前も自分のために戦え」と言います。素直になれませんでしたが、さやかは杏子に共感を通じて心をひそかに寄せます。しかし友人である志筑仁美が恭介に好意を抱いている事、恭介も仁美が好きな事であるという現実に直面したさやかは嫉妬に苛まれていき、心身ともに傷ついていきます。彼女の身を案じるまどかと杏子の思いも空しく、さやかのソウルジェムは壊れてしまいます。そして新しい魔女「人魚の魔女」が顕現するのでした。
以上が劇場版 魔法少女まどか マギカ前編「始まりの物語」のあらすじです。
写真：スーパーグルーピーズ
劇場版 魔法少女まどか マギカ前編はいわばアニメの総集編となっており、劇場版 魔法少女まどか マギカ前編のストーリーはアニメ1話から8話にあたります。